การพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรมไมโครแซททัลไลท์ และการทดสอบยืนยันโดยใช้วิเคราะห์ระหว่างพ่อ-แม่-ลูก ในกุ้งก้ามกราม
โดย นางพนม กระจ่างพจน์ สอดศุข
หมวดหมู่
รายงานการวิจัย
ประเภทสื่อ
eBook
0
(0 รีวิว)
จำนวนคงเหลือ
:
Share
รายละเอียด
เครื่องหมายพันธุกรรมไมโครแซททัลไลท์ในกุ้งก้ามกรามจำนวน 15 โลไซได้รับการพัฒนาจากโอลิโกนิวคลีโอไทด์ 2 ชนิด คือ (AG)10 และ (TG)10 ที่ถูกใช้เป็นโพรบ (probe) ในขั้นตอน enrichment ไมโครแซททัลไลท์ที่พัฒนาได้มีลำดับเบสซ้ำ (repeat motif) ทั้งแบบสมบูรณ์ (perfect) ไม่สมบูรณ์ (imperfect) และแบบร่วม (compound) ทั้ง 15 โลไซสามารถทำการวิเคราะห์โดยใช้ไมโครแซททัลไลท์ไพรเมอร์ 15 ไพรเมอร์ที่ผ่านการทดสอบจนได้องค์ประกอบสภาวะปฏิกิริยาพีซีอาร์ที่เหมาะสม ข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมของทั้ง 15 โลไซ ปรากฏจากการวิเคราะห์ตัวอย่างประชากรกุ้งก้ามกรามในโรงเพาะฟักจำนวน 18 ตัว ได้ข้อมูลซึ่งประกอบด้วย จำนวนอัลลีล (Na) ค่าสังเกตเฮตเตอโรไซโกซิตี (Ho) และค่าคาดคะเนเฮตเตอโรไซโกซิตี (He) อยู่ระหว่าง 3 – 11, 0.4444 – 0.9444 และ 0.5381 – 0.9190 ตามลำดับ ในจำนวน 15 โลไซ พบ 4 โลไซที่แสดงนัยสำคัญในการเบี่ยงเบนจากสมดุลฮาร์ดี-ไวน์เบิร์ก (PHWE<0.05) ในแบบที่มีเฮตเตอโรไซโกตต่ำกว่าที่ควรจะเป็น (Ho
Fifteen microsatellite markers in Macrobrachium rosenbergii were developed from 2 oligonucleotides, (AG)10 and (TG)10, which were used as probes in enrichment process. Three types of the repeat motifs including perfect, imperfect and compound repeats were found. All 15 microsatellite primers were tested and conditionally adjusted for the best reaction in PCR process. Genetic diversity data of the 15 loci, including allele number (Na = 3 – 11), observed heterozygosity (Ho = 0.4444 – 0.9444) and expected heterozygosity (He = 0.5381 – 0.9190), were informed by the analysis with a number of 18 Macrobrachium rosenbergii individuals from hatchery stock. Of the 15 loci, 4 loci were found to deviate from Hardy-Weinberg equilibrium (PHWE<0.05) as heterozygote deficiency, which would be found very commonly in hatchery stocks. From a confirmation test based on analyses of 9 father-mother-offspring Macrobrachium rosenbergii families, the “Principle of Segregation” of Mendel (Mendel’s first law) was proved to be true for the 15 microsatellite loci, confirming that the appearing microsatellite alleles of the 15 loci were inherited truly from the parents through to the offsprings. This makes all the 15 microsatellite loci become highly reliable and suitable to be utilized for any further purpose. Key words: Macrobrachium rosenbergii, microsatellite, confirmation test, parentage analysis
Fifteen microsatellite markers in Macrobrachium rosenbergii were developed from 2 oligonucleotides, (AG)10 and (TG)10, which were used as probes in enrichment process. Three types of the repeat motifs including perfect, imperfect and compound repeats were found. All 15 microsatellite primers were tested and conditionally adjusted for the best reaction in PCR process. Genetic diversity data of the 15 loci, including allele number (Na = 3 – 11), observed heterozygosity (Ho = 0.4444 – 0.9444) and expected heterozygosity (He = 0.5381 – 0.9190), were informed by the analysis with a number of 18 Macrobrachium rosenbergii individuals from hatchery stock. Of the 15 loci, 4 loci were found to deviate from Hardy-Weinberg equilibrium (PHWE<0.05) as heterozygote deficiency, which would be found very commonly in hatchery stocks. From a confirmation test based on analyses of 9 father-mother-offspring Macrobrachium rosenbergii families, the “Principle of Segregation” of Mendel (Mendel’s first law) was proved to be true for the 15 microsatellite loci, confirming that the appearing microsatellite alleles of the 15 loci were inherited truly from the parents through to the offsprings. This makes all the 15 microsatellite loci become highly reliable and suitable to be utilized for any further purpose. Key words: Macrobrachium rosenbergii, microsatellite, confirmation test, parentage analysis
ข้อมูลเพิ่มเติม
| วันที่เผยแพร่ | 10/2021 |
| สำนักพิมพ์ | กรมประมง |
| หมวดหมู่ | รายงานการวิจัย |
| จำนวนหน้า | 77012 |
People Who Read This Also Read
รีวิว